宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物，在这个世界上，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区，形单影只的皮丘遇见了袋兽母子，此后便与他们共同生活，并最终进化成了皮卡丘。几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到大木博士的邀请，参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。在此，小智在追逐幻之宝可梦洛奇亚的过程中与小豪相遇了。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。